Vitaozono al entrar en contacto con el virus provoca la oxidación directa de la pared celular, lo que induce su ruptura, propiciando así que los constituyentes celulares salgan de la célula. Además, causa daños a los constituyentes de los ácidos nucleicos (ADN y ARN), provocando la ruptura de enlaces carbono-nitrógeno, lo que da lugar a una despolimerización, de especial interés en el caso de desactivación de todo tipo de virus. Los microorganismos, por tanto, no son capaces de desarrollar inmunidad al ozono como hacen frente a otros compuestos.
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